ОСОБЛИВОСТІ МІКРОБІОМУ ШЛУНКОВО-КИШКОВОГО ТРАКТУ ЛЮДИНИ В НОРМІ ТА ПРИ ПАТОЛОГІЇ (ОГЛЯД ЛІТЕРАТУРИ)
DOI:
https://doi.org/10.32782/2786-9067-2025-30-7Ключові слова:
мікробіом стравоходу, мікробіом шлунку, мікробіом тонкого кишківника, мікробіом товстого кишківника, мікробіом прямої кишки, дисбіоз.Анотація
Анотація. Мікробіом шлунково-кишкового тракту (ШКТ), мабуть, найбільш вивчений, проте всі дослідження донедавна ґрунтувалися лише на бактеріологічних методах, тому деякі топографічні зони є не вивчені, лише внаслідок того що матеріал для дослідження досить важко зібрати. Відомо, що ШКТ містить унікальний і динамічний мікробіом, оскільки, з одного боку, він постійно піддається зовнішнім подразникам, включаючи дієту, інфекційні агенти, антибіотики та ксенобіотики; з іншого – неперетравлювані вуглеводи, білки, жири, поліфеноли, пребіотичні продукти можуть викликати зміни в мікробіоти й впливати на імунологічні та метаболічні маркери господаря. Як наслідок, захворюваність на численні імуноопосередковані, метаболічні, нейродегенеративні й ендокринні захворювання неухильно зростає. Пацієнти із соматичними хворобами є більш вразливим до дії вірусних і бактеріальних агентів. Метою огляду є узагальнення сучасних даних щодо мікробіоому шлунково-кишкового тракту (ШКТ) людини в нормі та його якісних і кількісних змін. Також огляд має на меті проаналізувати причини й принципи класифікації дисбіозів і найпоширеніші патології, що призводять до дисбалансу кишкової мікрофлори. Ми проаналізували й узагальнили дані про мікробіоценози ШКТ, що проводили новітніми методами, зокрема й за допомогою ПЛР з використанням праймерів 16S рРНК. Також ми навели основні причини та представили принципи класифікації дисбіозів. Надали власні трактування й висновки стосовно цієї проблематики, що вказують на можливості мікроекологчних порушень у різних біотопах шлунково-кишкового тракту.
Посилання
Adak A., Khan M.R. An insight into gut microbiota and its functionalities. Cellular and molecular life sciences : CMLS. 2019. № 76(3). Р. 473–493. https://doi.org/10.1007/s00018-018-2943-4.
Allin K.H., Tremaroli V., Caesar R., Jensen B.A.H., Damgaard M.T.F., Bahl M.I., Licht T.R., Hansen T.H., Nielsen T., et al. Aberrant intestinal microbiota in individuals with prediabetes. Diabetologia. 2018. № 61(4). Р. 810–820. https://doi.org/10.1007/s00125-018-4550-1.
Barchi A., Massimino L., Mandarino F.V., Vespa E., Sinagra E., Almolla, O., Passaretti S., Fasulo E., Parigi T.L., Cagliani S., Spanò S., Ungaro F., Danese S. Microbiota profiling in esophageal diseases: Novel insights into molecular staining and clinical outcomes. Computational and structural biotechnology journal. 2023. № 23. Р. 626–637. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.12.026.
Bonazzi E., Lorenzon G., Maniero D., De Barba C., Bertin L., Barberio B., Salvador R., Valmasoni M., Zingone F., Ghisa M., Savarino E.V. The Esophageal Microbiota in Esophageal Health and Disease. Gastroenterology Insights. 2024. № 15(4). Р. 998–1013. https://doi.org/10.3390/
gastroent15040069.
Bull M.J., Plummer N.T. Part 1: The Human Gut Microbiome in Health and Disease. Integrative medicine (Encinitas, Calif.). 2014. № 13(6). Р. 17–22.
Chen Y.-H., Tsai W.-H., Wu H.-Y., Chen et al. Probiotic Lactobacillus spp. Act Against Helicobacter pylori-induced Inflammation. Journal of Clinical Medicine. 2019. № 8(1). Р. 90. https://doi.org/10.3390/jcm8010090.
Colella M., Charitos I.A., Ballini A., Cafiero C., Topi S., Palmirotta R., Santacroce L. Microbiota revolution: How gut microbes regulate our lives. World journal of gastroenterology. 2023. № 29(28). Р. 4368–4383. https://doi.org/10.3748/wjg.v29.i28.4368.
Corning B., Copland A. P., Frye J.W. The Esophageal Microbiome in Health and Disease. Current gastroenterology reports. 2018. № 20(8). Р. 39. https://doi.org/10.1007/s11894-018-0642-9.
Crost E. H., Coletto E., Bell A., Juge N. Ruminococcus gnavus: friend or foe for human health. FEMS microbiology reviews. 2023. № 47(2). fuad014. https://doi.org/10.1093/femsre/fuad014.
Dickson R.P., Erb-Downward J.R., Freeman C.M., McCloskey L., Beck J.M., Huffnagle G.B., Curtis J.L. Spatial Variation in the Healthy Human Lung Microbiome and the Adapted Island Model of Lung Biogeography. Annals of the American Thoracic Society. 2015. № 12(6). Р. 821–830. https://doi.org/10.1513/AnnalsATS.201501-029OC.
D'Souza S.M., Houston K., Keenan L., Yoo B.S., Parekh P.J., Johnson D.A. Role of microbial dysbiosis in the pathogenesis of esophageal mucosal disease: A paradigm shift from acid to bacteria? World journal of gastroenterology. 2021. № 27(18). Р. 2054–2072. https://doi.org/10.3748/wjg.v27.i18.2054.
Ellis S.R., Nguyen M., Vaughn A.R., Notay M., Burney W.A., Sandhu S., Sivamani R.K. The Skin and Gut Microbiome and Its Role in Common Dermatologic Conditions. Microorganisms. 2019. № 7(11). Р. 550. https://doi.org/10.3390/microorganisms7110550.
Flynn M., Dooley J. The microbiome of the nasopharynx. Journal of medical microbiology. 2021. № 70(6). Р. 001368. https://doi.org/10.1099/jmm.0.001368.
Gomez A., Petrzelkova K.J., Burns M.B., Yeoman C.J., Amato K.R., Vlckova K., Modry D., Todd A et al. Gut Microbiome of Coexisting BaAka Pygmies and Bantu Reflects Gradients of Traditional Subsistence Patterns. Cell reports. 2016. № 14(9). Р. 2142–2153. https://doi.org/10.1016/
j.celrep.2016.02.013.
Guo P., Zhang K., Ma X. et al. Clostridium species as probiotics: potentials and challenges. J Animal Sci Biotechnol. 2020. № 11. Р. 24. https://doi.org/10.1186/s40104-019-0402-1.
Haschke F., Haiden N., Detzel P., Yarnoff B., Allaire B., Haschke-Becher E. Feeding patterns during the first 2 years and health outcome. Annals of nutrition & metabolism. 2013. № 62. Suppl 3. Р. 16–25. https://doi.org/10.1159/000351575.
Husnik R., Klimes J., Kovarikova S., Kolorz M. Helicobacter Species and Their Association with Gastric Pathology in a Cohort of Dogs with Chronic Gastrointestinal Signs. Animals. 2022. № 12(10). Р. 1254. https://doi.org/10.3390/ani12101254.
Jinyu K., Jian W., Yiwen L., Ruonan L., Shegan G. Role of Oral and Esophageal Microbiota in Esophageal Squamous Cell Carcinoma. Clinical Medicine Insights. Oncology. 2025. № 19. 11795549251350185. https://doi.org/10.1177/11795549251350185.
John H.T., Thomas T.C., Chukwuebuka E.C., Ali A.B., Anass R., Tefera Y.Y., Babu B., Negrut N., Ferician A., Marian P. The Microbiota–Human Health Axis. Microorganisms. 2025. № 13(4). Р. 948. https://doi.org/10.3390/microorganisms13040948.
Könönen E., Gursoy U. K. Oral Prevotella Species and Their Connection to Events of Clinical Relevance in Gastrointestinal and Respiratory Tracts. Frontiers in microbiology. 2022. № 12. Р. 798763. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.798763.
Li J., Li Y., Zhou Y., Wang C., Wu B., Wan J. Actinomyces and Alimentary Tract Diseases: A Review of Its Biological Functions and Pathology. BioMed research international. 2018. 3820215. https://doi.org/10.1155/2018/3820215.
May M., Abrams J. A. Emerging Insights into the Esophageal Microbiome. Current treatment options in gastroenterology. 2018. № 16(1). Р. 72–85. https://doi.org/10.1007/s11938-018-0171-5.
Mukherjee A., Lordan C., Ross R.P., Cotter P.D. Gut microbes from the phylogenetically diverse genus Eubacterium and their various contributions to gut health. Gut microbes. 2020. № 12(1). Р. 1802866. https://doi.org/10.1080/19490976.2020.1802866.
Okifo O., Ray A., Gudis D.A. The Microbiology of Acute Exacerbations in Chronic Rhinosinusitis – A Systematic Review. Frontiers in cellular and infection microbiology. 2022. № 12. 858196. https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.858196.
Pacheco A.R., Barile D., Underwood M.A., Mills D.A. The impact of the milk glycobiome on the neonate gut microbiota. Annual review of animal biosciences, 2015. № 3. Р. 419–445. https://doi.org/10.1146/annurev-animal-022114-111112.
Pagliari D., Saviano A., Newton E.E., Serricchio M.L., Dal Lago A.A., Gasbarrini A., Cianci R. Gut Microbiota-Immune System Crosstalk and Pancreatic Disorders. Mediators of inflammation. 2018. 7946431. https://doi.org/10.1155/2018/7946431.
Park C.H., Lee S.K. Exploring Esophageal Microbiomes in Esophageal Diseases: A Systematic Review. Journal of neurogastroenterology and motility. 2020. № 26(2). Р. 171–179. https://doi.org/10.5056/jnm19240.
Park, Woosuk & Vaezi, Michael. Etiology and Pathogenesis of Achalasia: The Current Understanding. The American journal of gastroenterology. 2005. № 100. Р.1404–1414. 10.1111/j.1572-0241.2005.41775.x.
Plikus M.V., Wang X., Sinha S., Forte E., Thompson S.M., Herzog E.L., Driskell R.R., Rosenthal N., Biernaskie J., Horsley V. Fibroblasts: Origins, definitions, and functions in health and disease. Cell. 2021. № 184(15). Р. 3852–3872. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.024.
Rinninella E., Raoul P., Cintoni M., Franceschi F., Miggiano G.A.D., Gasbarrini A., Mele M. C. What is the Healthy Gut Microbiota Composition? A Changing Ecosystem across Age, Environment, Diet, and Diseases. Microorganisms. 2019. № 7(1). Р. 14. https://doi.org/10.3390/microorganisms7010014.
Santacroce L., Man A., Charitos I.A., Haxhirexha K., Topi S. Current knowledge about the connection between health status and gut microbiota from birth to elderly. A narrative review. Frontiers in bioscience (Landmark edition). 2021. № 26(6). Р. 135–148. https://doi.org/10.52586/4930.
Talapko J., Včev A., Meštrović T., Pustijanac E., Jukić M., Škrlec I. Homeostasis and Dysbiosis of the Intestinal Microbiota: Comparing Hallmarks of a Healthy State with Changes in Inflammatory Bowel Disease. Microorganisms. 2022. № 10(12). Р. 2405. https://doi.org/10.3390/
microorganisms10122405.
Thirza van Deuren, Alexander Umanets, Koen Venema, Luis L. Moreno, Erwin G. Zoetendal, Emanuel E. Canfora, Ellen E. Blaak. Specific dietary fibers steer toward distal colonic saccharolytic fermentation using the microbiota of individuals with overweight/obesity, Food Research International. 2025. V. 209. Р. 116271. https://doi.org/10.1016/j.foodres.2025.116271.
Thursby E., Juge N. Introduction to the human gut microbiota. The Biochemical journal. 2017. № 474(11). Р. 1823–1836. https://doi.org/10.1042/BCJ20160510.
Waters J.L., Ley R.E. The human gut bacteria Christensenellaceae are widespread, heritable, and associated with health. BMC biology. 2019. № 17(1). Р. 83. https://doi.org/10.1186/s12915-019-0699-4.
Wei L., Singh R., Ro S., Ghoshal U.C. Gut microbiota dysbiosis in functional gastrointestinal disorders: Underpinning the symptoms and pathophysiology. JGH open : an open access journal of gastroenterology and hepatology. 2021. № 5(9). Р. 976–987. https://doi.org/10.1002/jgh3.12528.
Zhang T., Gao G., Sakandar H.A., Kwok L.Y., Sun Z. Gut Dysbiosis in Pancreatic Diseases: A Causative Factor and a Novel Therapeutic Target. Frontiers in nutrition. 2022. № 9. Р. 814269. https://doi.org/10.3389/fnut.2022.814269.
Shirobokov V.P., Yankovsky D.S., Dyment G.S. Human Microbial Ecology with a Color Atlas. 2009. Р. 312.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
